Análise transcriptômica de Leishmania infantum, agente etiológico da leishmaniose visceral americana

Abstract

Leishmania infantum é um protozoário parasita de grande relevância médica, por ser o agente etiológico da leishmaniose visceral, uma grave doença que pode ser fatal quando não tratada. Desde a última década, muita informação tem sido gerada acerca da genômica de tripanossomatídeos, o que tem possibilitado um melhor conhecimento dos mecanismos moleculares utilizados por estes protozoários para infectar seus hospedeiros. L. infantum teve seu genoma sequenciado em 2007, entretanto, análises de expressão gênica deste parasito têm sido limitadas ao uso de técnicas com baixa acurácia. O RNA-seq é uma ferramenta para análise de transcriptomas inovadora, com maior acurácia, sensibilidade e custo-benefício relativamente baixo, quando comparado às demais técnicas. Até a presente data, não há relatos na literatura de estudos que tenham utilizado RNA-seq para analisar o transcriptoma de L. infantum. Em vista disso, nós analisamos o transcriptoma de oito cepas de L. infantum utilizando RNA-seq e estratégia de montagem de novo. Inicialmente, nós realizamos comparações de seis softwares montadores de transcriptoma de novo (rnaSPAdes; IDBA-tran; Oases; Trinity; Trans-ABySS; SOAPdenovo-Trans) e cinco estratégias de tratamento de short reads (pipelines – P₀; P₁; P₂; P₃; P₄). Os montadores rnaSPAdes, Trinity e IDBA-tran obtiveram os melhores resultados para os critérios avaliados; enquanto que o P0 obteve os melhores resultados dentre as estratégias de tratamento abordadas. Posteriormente, optando pelo montador rnaSPAdes, nós montamos de novo oito cepas de L. infantum cepa Teresina. Uma média de 26.410 transcritos foram montados, cerca de 30% destes foram classificados como não-anotados em relação ao genoma de referência; enquanto que 0,5 a 6,6% foram classificados como não-alinhados. Estes transcritos foram utilizados para predição de genes e um total de 88 novos possíveis genes foram preditos para L. infantum. Além disso, pode-se observar que mais de 90% do genoma foi constitutivamente expresso e que dentre os genes mais abundantes, foram detectados àqueles condificantes de proteínas de histonas, β-tubulina e α-tubulina. Nossas análises poderão servir como base para novos estudos acerca dos mecanismos de expressão gênica de L. infantum, bem como outros tripanossomatídeos.