Diversidade genômica de cepas de SARS-CoV-2 durante a primeira onda da Covid- 19 no Estado de Pernambuco, Brasil

Abstract

Síndrome Respiratória Aguda Grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2) é responsável pela pandemia da doença do coronavírus-2019 (COVID-19), a qual levou à notificação de mais de 200 milhões de casos em todo o mundo. Desde então, a vigilância genômica tem sido uma ferramenta fundamental para rastrear a disseminação viral. Neste estudo fornecemos uma análise detalhada da dinâmica temporal de mutações e linhagens de SARS-CoV-2 durante a primeira onda da pandemia no estado de Pernambuco, Brasil. Para isso, realizamos a caracterização de 67 genomas obtidos a partir de swabs nasofaríngeos e orofaríngeos de pacientes positivos para COVID-19 de 22 municípios, os quais foram combinados com 293 sequências de Pernambuco disponíveis no GISAID obtidas entre fevereiro e dezembro de 2020, período adotado como marco temporal da primeira onda pandêmica no estado de Pernambuco. Descrevemos a disseminação temporal e a evolução do SARS-CoV-2 durante a primeira onda pandêmica em Pernambuco, sendo detectados 962 SNPs em regiões codificantes, a maioria deles localizados na ORF1ab. Verificamos que as mutações C241T, C3037T (F924F), C14408T (P4715L/P323L), A23403G (D614G), G28881A (R203K), G28882A (R203R) e G28883C (G204R), mantiveram suas frequências relativas acima de 94 % durante todo o período de amostragem. Foi detectada a circulação simultânea de 18 linhagens em Pernambuco, sendo as mais prevalentes B.1.1, B.1.1.28, B.1.1.33 e P.2, respectivamente. A rede de haplótipos e a análise filogenômica mostraram que as sequências se agruparam em 4 clados principais de acordo com a dinâmica evolutiva de SARS-CoV-2, tendo havido importações iniciais de linhagens com provável origem da Europa, seguida por expansão e transmissão local de linhagens nacionais, contribuindo para o crescimento acelerado da epidemia. Esses resultados evidenciam elevados níveis de diversidade genômica em Pernambuco e destacam a importância de investigações contínuas em vigilância genômica para rastreamento de variantes virais.