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Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/52475

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Campo DC Valor Lengua/Idioma
dc.contributor.advisorISEPPON, Ana Maria Benko-
dc.contributor.authorMOURA, Bruna Piereck-
dc.date.accessioned2023-09-28T12:28:35Z-
dc.date.available2023-09-28T12:28:35Z-
dc.date.issued2019-09-24-
dc.identifier.citationMOURA, Bruna Piereck. Análise de elementos transponíveis no transcriptoma (RNA-SEQ) Vigna unguiculata em situações de estresse. 2019. Tese (Doutorado em Genética) – Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2019.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/52475-
dc.description.abstractEstresses ambientais provocam perdas significativas na produção agrícola. Para minimizá-las, é necessário compreender os mecanismos de resposta vegetal, incluindo o papel de elementos transponíveis (TEs). Duas abordagens foram usadas visando entender os processos envolvidos na resposta a estresses que podem estar relacionados aos elementos transponíveis em Vigna unguiculata. Na primeira, a mineração de texto foi realizada com o pipeline LAITOR4HPC (Capítulo I), baseado na ferramenta online PESCADOR. O trabalho permitiu o processamento eficiente de aproximadamente 31 milhões de resumos em seis dias, diminuindo drasticamente o tempo original estimado (dois anos). Com o resultado, foi possível mapear na literatura interações super- e sub-representadas em soja, bem como construir e enriquecer uma via de regulação de defensina em Arabidopsis thaliana. Contudo, uma busca com a mesma abordagem sobre TEs evidenciou a necessidade de um dicionário específico. Sabe-se que TEs são capazes de provocar alterações estruturais e epigenéticas, sendo modulados e responsivos em plantas sob estresse. Portanto, na segunda abordagem (Capítulo II) TEs diferencialmente expressos (TE- DEGs) foram identificados e anotados no transcriptoma de V. unguiculata com o intuito de compreender seu papel na resposta tolerante/resistente desta leguminosa. A análise incluiu bibliotecas de folhas inoculadas com dois vírus de RNA e de raízes submetidas a desidratação. Foram identificadas 12 superfamílias de TEs-DEGs, além de TEs cuja classificação é desconhecida (unk) e nested-TEs. Elementos transponíveis abrangeram entre 7% e 20% do total de TE-DEGs para cada tratamento. Houve especificidade de isoformas e de categorias de ontologia gênica (GO) comparando-se os tratamentos e tempos. A presença TE-DEGs com anotação GO de fatores de transcrição e domínios completos associados à regulação de transcrição indicam um possível papel desses elementos na resposta aos estresses em tela, demandando validação experimental.pt_BR
dc.description.sponsorshipCAPESpt_BR
dc.language.isoporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Pernambucopt_BR
dc.rightsopenAccesspt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectGenética vegetalpt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectLeguminosapt_BR
dc.titleAnálise de elementos transponíveis no transcriptoma (RNA-SEQ) de Vigna unguiculata em situações de estressept_BR
dc.typedoctoralThesispt_BR
dc.contributor.advisor-coVIDAL, Ana Christina Brasileiro-
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/4110730393969830pt_BR
dc.publisher.initialsUFPEpt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.degree.leveldoutoradopt_BR
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/7796654028353519pt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pos Graduacao em Geneticapt_BR
dc.description.abstractxEnvironmental stresses lead to significant losses in crop production. To minimize them, it is necessary to understand plant response mechanisms, including the role of transposable elements (TEs). Two approaches were used aiming to understand the TE-related stress responses in Vigna unguiculata. The first used text mining analysis with LAITOR4HPC (Chapter I), based on an improvement of PESCADOR online tool. The former enabled processing approximately 31 million abstracts in six days, drastically decreasing the original estimated time (two years). The result, allowed to map super- and sub- represented interactions in soybean, as much as to build a defensin regulatory network in Arabidopsis thaliana. However, a search with the same approach targeting TEs indicated the need for a specific dictionary. It is known that TEs are capable of causing structural and epigenetic changes, being modulated and responsive in plants under stress. Thus, in the second approach (Chapter II), differentially expressed TEs (TEs-DEGs) were identified and annotated in RNA-Seq data of V. unguiculata transcriptome, aiming to understand its role at tolerant/resistant response in this legume. The study comprised leaf libraries inoculated with two RNA virus and roots subjected to dehydration. Twelve TE-DEGs superfamilies were identified, as well as TEs of unknown classification (unk) and nested-TEs. Transposons embraced between 7% and 20% of all TE-DEGs. Some isoforms and gene ontology (GO) categories are specific when comparing treatments and times. The presence of TE-DEGs with transcription factor GO annotation and complete domains associated with transcription regulation indicate a possible role of these elements in the response to the targeted stresses, requiring experimental validation.pt_BR
dc.contributor.advisor-coLatteshttp://lattes.cnpq.br/0656001355751718pt_BR
Aparece en las colecciones: Teses de Doutorado - Genética

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