Caracterização funcional in silico de elementos virais endogenizados detectados em genomas de culicídeos de importância médica.

Abstract

Os elementos virais endogenizados (EVEs) são sequências de nucleotídeos originados a partir de infecções virais. Sua mobilização e replicação pode impactar no genoma do hospedeiro através de novas características benéficas ou danosas ao hospedeiro. Os mosquitos, como os do gênero Aedes, possuem uma grande quantidade de EVEs em seus genomas e esses têm sido associados principalmente a respostas antivirais. Outros gêneros, como o Culex, também possuem EVEs, porém em menor quantidade. Este trabalho tem como objetivo geral compreender a abrangência e dinâmica de EVEs em genomas de três espécies de mosquitos vetores: Aedes aegypti, Aedes albopictus e Culex quinquefasciatus. Para isso, foram avaliados 78 EVEs de cópia única e esses foram mapeados contra bibliotecas de sequenciamento de RNA (RNA-seq) para obter reads, de maneira quantitativa. Foram também analisadas as regiões flanqueadoras dos EVEs, para detecção de Open Reading Frames e as proteínas correspondentes a essas regiões. Por fim, foi feita uma filogenia utilizando as proteínas associadas às famílias virais dos respectivos EVE. A partir da contagem de reads per kilobase per million (RPKM) e avaliação dos mapeamentos, foram selecionados 15 EVEs, das famílias Flaviviridae, Chuviridae e Rhabdoviridae. Observou-se uma associação de EVEs com proteínas virais que resultou em diferentes padrões na profundidade do mapeamento. Nas filogenias, houve uma tendência de agrupamento em clados basais em alguns EVEs, indicando diferenças no processo evolutivo, comparado às proteínas virais. Os resultados sugerem ainda uma associação entre transposons na expressão de mRNA através do mecanismo de piRNAs.