Análise in silico da atividade antiviral de derivados tiazolidínicos na viroporina E do SARS-CoV-2

Abstract

A pandemia causada pela COVID-19 se tornou um problema emergente ao longo dos últimos anos, resultando na morte de milhares de pessoas ao redor do mundo. O vírus responsável por este quadro é o SARS-CoV-2, que possui uma estrutura simples, formada por proteínas constituintes que possuem funções diversas na habilidade que o vírus tem para se estabelecer e se fixar na célula hospedeira. Dentre as proteínas estruturais, a proteína E do envelope recebe destaque pela capacidade que possui de se auto-organizar em um canal, chamado viroporina, de estrutura pentamérica transmembranar que perturba o equilíbrio hidroeletrolítico da célula hospedeira e auxilia na lise da membrana para facilitar a liberação dos vírions. Como forma de tentar utilizar este mecanismo do vírus para atenuar ou inibir a ação deste canal, diversos estudos in silico foram realizados para elencar possíveis fármacos com ação antiviral, comprovada na literatura, para verificar sua respectiva efetividade. Neste sentido, o presente estudo visou realizar a análise in silico de compostos tiazolidínicos na viroporina com o objetivo de analisar a afinidade predita, ranqueando os ligantes com maior potencial terapêutico e avaliar as interações intermoleculares mais relevantes. Foram utilizadas as estruturas dos compostos LPFS/AG-55, LPFS/AG-58, LPSF/AG-104, LPSF/GQ-294, LPSF/GQ-310 e seus respectivos diastereoisômeros E e Z. O programa Avogadro foi empregado para converter as estruturas 2D cedidas em 3D e então submetê-las à minimização de energia utilizando o campo de força MMFF94s. A estrutura da viroporina foi obtida no banco de dados do Protein Data Bank (PDB), sob o código ID PDB: 7K3G. O processamento das simulações de docking molecular foi realizado com a plataforma DockThor versão 2.0. Dentre os 12 compostos avaliados, o que obteve o melhor desempenho foi o GQ-294 (Z), com valor de afinidade de -7,959 kcal/mol e de energia total de -11,617 kcal/mol. Contudo, estudos posteriores são necessários para comprovar a efetividade apontada nas análises computacionais realizadas, visando a viabilização na prospecção de novas alternativas terapêuticas no tratamento da COVID-19.